Z hlediska fytogeografického členění, tedy z hlediska botanického, se Česká republika člení do 3 fytogeografických oblastí, které se dále dělí do 6 podoblastí a 99 okresů. Zmíněnými třemi oblastmi jsou termofytikum, mezofytikum a oreofytikum. Převážnou část území zabírá mezofytikum, zatímco termofytikum se rozkládá v pásu mezi severními, středními a východními Čechami a v další oblasti na jižní Moravě. Oreofytikum je naproti tomu zastoupeno nejméně, a to převážně v horských příhraničních oblastech a ostrůvkovitě i ve vnitrozemí.
Členění
Termofytikum je charakteristické výskytem převážně teplomilných druhů rostlin. Zahrnuje planární (nížinný) a kolinní (pahorkatinný) výškový vegetační stupeň.
Dělí se do dvou podoblastí:
České termofytikum – souvislý pás od Poohří až po východní Polabí. Tvoří jej 15 okresů.
Panonské termofytikum – oblast jižní Moravy a Moravských úvalů. Tvoří jej 6 okresů.
Mezofytikum představuje přechod mezi teplomilnou a chladnomilnou květenou. Mezi výškové stupně v této oblasti patří stupeň suprakolinní (kopcovinný) a submontánní (podhorský, vrchovinný).
Dělí se do dvou podoblastí, které na sebe navazují:
Českomoravské mezofytikum – tvoří jej 63 okresů.
Karpatské mezofytikum – tvoří jej 9 okresů.
Oreofytikum představují horské oblasti s výskytem převážně chladomilných druhů rostlin. Z výškových stupňů zahrnuje montánní (hornatinný), supramontánní (středohorský, oreální, smrkový) a subalpínský (klečový).
Dělí se do dvou podoblastí:
České oreofytikum – izolované nejvýše položené oblasti Českého masivu, jak v příhraničních oblastech, tak ve vnitrozemí. Tvoří jej 14 okresů.
Karpatské oreofytikum – oblast Moravskoslezských Beskyd. Tvoří jej 1 okres.