Území kraje je vymezeno územím sedmi okresů: Blansko, Brno‑město, Brno‑venkov, Břeclav, Hodonín, Vyškov a Znojmo.
K 1. lednu 2003 zanikly okresní úřady a samosprávné kraje se od té doby pro účely státní správy dělí na správní obvody obcí s rozšířenou působností. Kromě dřívějších okresních měst Blanska, Brna, Břeclavi, Hodonína, Vyškova a Znojma, jsou jimi také Boskovice, Bučovice, Hustopeče, Ivančice, Kuřim, Kyjov, Mikulov, Moravský Krumlov, Pohořelice, Rosice, Slavkov u Brna, Šlapanice, Tišnov, Veselí nad Moravou, Židlochovice. Těchto 21 správních obvodů (tzv. malých okresů) se dále dělí na správní obvody obcí s pověřeným obecním úřadem, kterých je v Jihomoravském kraji celkem 34.
V Jihomoravském kraji je 672 obcí, z toho 40 z nich má status městyse a 50 obcí status města. Na území kraje také existuje jeden vojenský újezd – Březina, kde nikdo trvale nebydlí. Podíl městského obyvatelstva je asi 63,5 % z celkového počtu obyvatel kraje. Sídelním městem kraje je statutární město Brno, jež je druhým největším městem v Česku a jeho význam přesahuje hranice kraje – je např. sídlem nejvyšších justičních institucí a místem konání velkých událostí evropského významu. Rozlohou 7 195 km² (9 % rozlohy ČR) zaujímá Jihomoravský kraj čtvrté místo v České republice, počtem 1,2 milionu obyvatel (11 % z ČR) je na třetím místě.