Krajem prochází dálnice D1 z Prahy do Brna a dvě mezinárodní silnice: E59 (Jihlava – Vídeň – Záhřeb) a E551 (České Budějovice – Třeboň – Humpolec). Silniční síť kraje má v roce 2017 celkovou délku 4562 km, z toho silnice 2. třídy tvoří 1631 km. Celkem je v kraji 875 mostů. Kraj chce v roce 2017 vyřadit celkem 362 km silnic ze silniční sítě. Navržená páteřní síť silnic pro další roky má celkovou délku 678 km, dříve měla 745 km, navržená páteřní síť silnic 2. třídy má 1321 km, dříve měla 1631 km. V roce 2018 čtyři z pěti rekonstruovaných úseků dálnice D1 jsou na Vysočině.
Kraj Vysočina připravil systém společné veřejné dopravy, který byl nazván Veřejná doprava Vysočiny (VDV). Spuštěn měl být v roce 2020, kdy v polovině roku 2018 bylo rozhodnuto o způsobu odbavování. To by mělo probíhat pomocí identifikátoru nahraném na kartě či čipu. Projekt by měl posílit veřejnou dopravu ve městech. Systém Veřejné dopravy Vysočiny byl spuštěn v prosinci roku 2019 úpravami jízdních řádů Českých drah.