Nejdůležitějšími městy Moravy po zániku Velkomoravské říše byla dnešní města Olomouc, Brno a Znojmo, a to jako sídelní města tzv. moravských údělů.
Krátce po vzniku Moravského markrabství ve 12. století až do poloviny 17. století byla nejdůležitějšími městy už jen Olomouc a Brno. Obě města se po většinu tohoto období musela dělit o moc rovným dílem, protože zemský sněm a zemský soud střídavě zasedal v obou městech. Kvůli tomu byly pravidelně přemisťovány moravské zemské desky.
Avšak tím významnějším městem byla do poloviny 14. století stále Olomouc, a to především proto, že zde již od roku 1063 sídlil biskup. Olomouc té doby bývá právem považována za kulturní a duchovní metropoli Moravy.
Za vlády Jana Jindřicha ve 14. století se Brno stalo trvalým sídlem tehdejších vládců Moravy, moravských markrabat, jejich sídelním hradem byl hrad Špilberk a v této době, a to především za vlády krále Jošta Moravského, bylo předním moravským městem Brno.
Poté od 15. století lze mluvit spíše o vyrovnaném významu obou měst, a to až do poloviny 17. století. V roce 1573 byla v Olomouci založena první a na několik dalších století i jediná univerzita na území Moravy (na krátký čas přesunuta do Brna).
V roce 1639 došlo ke zřízení královského tribunálu v Brně. Královský tribunál byl významný zeměpanský úřad s rozsáhlými správními a soudními pravomocemi. Krátce pak sídlil i v Olomouci.
Do Brna byly přestěhovány všechny moravské zemské desky. Předtím byla jedna jejich řada vedena v Olomouci a druhá řada v Brně. V Brně nadále sídlil i královský tribunál. Bylo ukončeno střídavé zasedání zemského sněmu a soudu až na příkaz markraběte a císaře Ferdinanda III. za třicetileté války, konkrétně v letech 1641 až 1642. V roce 1642 se navíc Olomouc po 40 dnech obléhání vzdala Švédům. Brno se tak fakticky stalo jediným hlavním městem Moravy. Přispělo k tomu i neobyčejně rozsáhlé zpustošení Olomouce osmiletým pobytem nepřátelských vojsk.
V roce 1749 byl v Brně založen moravský soudní a politický senát. Spor obou měst ovšem stále pokračoval a Olomouc několikrát žádala navrácení svého původního postavení, a to včetně navrácení královského tribunálu, přestože byl původně zřízen v Brně a v Olomouci sídlil jen krátkou dobu.
Královna Marie Terezie například po úspěšném odražení pruské armády Olomouci udělila formální titul "Královské hlavní město". Tento dlouhý spor byl ale ukončen až moravským markrabětem a císařem Josefem II. v roce 1782, který Brnu přiznal nárok být jediným ohniskem politické moci na Moravě. Tento stav byl později v roce 1849 potvrzen Moravskou zemskou ústavou.
Brno zůstalo hlavní městem autonomní země do roku 1949, kdy byla komunistickou vládou zemská samospráva zrušena a nahrazena kraji, které nerespektují zemské hranice. Krajské zřízení bylo předtím zavedeno už v 16. století, ovšem respektovalo zemskou hranici a tím i autonomii země.
Dvakrát také vznikla země Moravskoslezská (1782–1849 a 1928–1948) v čele s guberniem sídlícím v Brně.
Otázka hlavního města středověké Moravy je celkově složitější. Někdy bývá nepřesně uváděna jen Olomouc nebo jen Brno. Mocenská střediska se ale přelévala mezi několika sídly. Pravděpodobnou historicky první přední moravskou metropolí byl Veligrad, sídlo velkomoravského vládce a arcibiskupa diecéze moravské.