Jan Lucemburský, nový markrabě Moravy a král Čech, byl nucen vydat moravské a české šlechtě tzv. inaugurační diplomy neboli volební kapitulace. Pro Moravu byl diplom vydán v červnu 1311, půl roku po diplomu pro Čechy. V moravské a v české volební kapitulaci potvrdil všem knížatům království našeho českého a Moravě jejich požadavky (byť v okleštěné podobě). Mimo jiné šlo o to, že „...nikdy nesvěříme nikomu jinému než Moravanu na Moravě nějaký úřad, spojený s důchody...“; dále, že zemskou berni bude král vybírat jen ve zvláštních případech a že nebude šlechtu nutit k vojenským tažením za hranice země. Také jinak: šlechtici měli pouze povinnost zemské hotovosti).
Tyto listiny upevnily politickou samosprávu Moravy ve středověku. S Čechami spojovala Moravu osoba společného panovníka a jeho úřady (rada, kancelář), generální sněmy, společné obyvatelské právo šlechty (inkolát) – moravská i česká šlechta v něm měly přednost před šlechtou z ostatních zemí Koruny, povinnost společné obrany, jednotná církevní organizace – olomoucký a litomyšlský biskup podléhali pražskému arcibiskupovi, některé soudní instituce (soud mincmistrovský, soud komorní, soud dvorský a později i apelační soud) a částečně i městské právo. Kromě toho měly obě země jednoho společného zemského úředníka: nejvyšší maršálek, 3. nejdůležitější úředník v Čechách, byl zároveň i 2. úředníkem na Moravě.
V roce 1348 český král a římský císař Karel IV. učinil konec nejasnému vztahu Moravy k Čechám. V rámci utvoření soustátí zemí Koruny české učinil Moravu lénem českého krále. Morava nadále neměla být zcizována z moci českých králů. Markraběti patřila vláda nad částí Moravy, hlavně na jihu. Druhou část země ovládal biskup olomoucký. Opavský vévoda byl z Moravy vydělen. Měl dokonce, na rozdíl od markraběte, i právo horního a mincovního regálu. Karel též zreformoval moravské soudnictví. Do Brna a Olomouce byly převedeny zemské desky. Zemský sněm střídavě zasedal v obou městech.
Na přelomu 14. a 15. století probíhaly markraběcí války mezi bratry Joštem a Prokopem, které zemi dosti zpustošily. Na druhou stranu vláda markrabat Karla, Jana Jindřicha a Jošta bývá též označována za období velkého rozkvětu Moravského markrabství. Jošt se stejně jako jeho strýc Karel IV. dokonce stal králem Svaté říše římské (krátce před svojí smrtí).
V 15. století Moravu nezasáhly příliš významně husitské války. Moravská šlechta sice nejprve na čáslavském sněmu souhlasila s husitským programem, ale později se ho většina pánů zřekla a přijala v listopadu 1421 Zikmunda Lucemburského za krále. Země se však po jejich skončení rozdělila nábožensky stejně jako Čechy.
Jiří z Poděbrad vydal 13. ledna 1464 „na poníženou prosbu baronů, šlechticů a obyvatel tohoto markrabství“ slavnostní listinu, kterou proklamoval nerozlučitelné spojení Čech a Moravy jako dvou rovnoprávných zemí. Markrabství přestalo být chápáno jako české léno a nemělo být už nikdy nikomu postoupeno.
V důsledku válek s Matyášem Korvínem a následného chaosu a rozdělené vlády v zemích Koruny české však listina nebyla fakticky naplněna. Morava v letech 1469/1471–1490 spadala, spolu se Slezskem a obojí Lužicí, pod vládu uherského krále Matyáše Korvína.