Stejně jako celá Česká republika, patří Čechy k evropským regionům vykazujícím nejmenší procento obyvatelstva hlásící se k náboženskému vyznání. Nejpočetnější církví v Čechách s úplnou farní organisací je církev římskokatolická, ke které se hlásí asi 10 % obyvatelstva, druhou nejpočetnější církví je pak na většině míst v Čechách církev československá (husitská), někde českobratrská církev evangelická, přičemž v Plzeňském kraji je druhou nejsilnější církví pravoslavná církev. Religiosnější jsou obecně oblasti na jih a jihovýchod od Prahy, především západní část kraje Vysočina, část Pardubického kraje, ve středních Čechách okres Benešov a část jižních Čech, především na jih a jihozápad od Českých Budějovic. Za nejméně religiosní oblasti se považují okresy především na severozápad od Prahy a obecně tzv. Sudety (Karlovarský, Ústecký či Liberecký kraj). V nejreligiosnějších oblastech je podíl věřících okolo 25–30 %, v nejméně náboženských krajích pak pod 10 %.
V římskokatolické církvi patří celé Čechy (jako historická země) do české církevní provincie a dělí se na arcidiecési pražskou, diecési českobudějovickou, královéhradeckou, plzeňskou a litoměřickou. Dříve též existovala diecése litomyšlská. Hlavou katolické církve v Čechách (primasem českým) je J.Em. Dominik kardinál Duka, arcibiskup pražský.