Na konci 14. století se začaly rodit zárodky pozdějších krajů. Nejprve vzniklo 12 berních obvodů, které se po polovině 15. století přeměnily na stálé kraje. V čele krajů stáli tzv. poprávci (iudices provinciales) a dva krajští hejtmani. Jména krajů:
kouřimský (pražský)
slánský – neměl poprávce
žatecký
bechyňský
prácheňský (písecký) – v Písku sídlil kmet; byl spojen s vltavským děkanátem a podbrdskou cúdou
plzeňský
rakovnický – neměl poprávce
litoměřický
boleslavský
hradecký
chrudimský – byl spojen s mýtským děkanátem
čáslavský
K tomu existovaly ještě 4 tzv. vnější kraje:
Loketsko
Trutnovsko
Žitavsko – brzo zaniklo
Kladsko – od roku 1459 hrabství
Zvláštní správní jednotkou bylo také (až do 18. století) Chebsko, s Čechami svázané pouze personální unií.
V roce 1714 byla provedena územní reforma:
Slánský kraj zanikl připojením k rakovnickému kraji a do Slaného bylo přeloženo sídelní město,
K žateckému kraji bylo připojeno Loketsko a Chebsko,
Berounský kraj vznikl vydělením Vltavska a Podbrdska z píseckého kraje,
Z litoměřického kraje bylo odděleno mělnické panství,
K boleslavskému kraji byla připojena část brandýského panství a celé mělnické panství.
V roce 1751 bechyňský kraj rozdělen na podíl táborský a budějovický, plzeňský na podíl plzeňský a klatovský, žatecký na podíl žatecký a loketský a hradecký na podíl hradecký a bydžovský.
V roce 1849 byla provedena radikální reforma, kdy zůstalo pouze 7 krajů (krajských vlád) a 13 zemských (tj. krajských) soudů. V roce 1854 byla provedena nová reforma: bylo zřízeno 13 krajů a 15 krajských soudů. V roce 1862 bylo krajské zřízení zrušeno.
Roku 1920 byl přijat zákon o župním členění Československa, který byl však realizován pouze na Slovensku a Podkarpatské Rusi. V Čechách, na Moravě a ve Slezsku se však proti němu zvedla vlna nevole, a tak v těchto zemích nevstoupil v platnost. Na jeho základě měly být Čechy rozděleny na 9 žup a území Prahy, přičemž mělo být i nadále důsledně přihlíženo k historické zemské hranici Čech s Moravou, ovšem země by jako správní celky byly zrušeny.
Dne 24. prosince 1948 bylo zavedeno členění na kraje, které však již nemělo s historickými kraji nic společného rozsahem krajů, ani jejich postavením či pravomocemi. K 1. červenci 1960 pak vstoupila v platnost další správní reforma, kterou byly hranice krajů i počet krajů změněny. V roce 1990 byly zrušeny krajské národní výbory, které byly obecnými správními úřady, avšak kraje jako takové zrušeny nebyly. V nové podobě byly kraje vytvořeny roku 2000 na základě zákona z roku 1997, přičemž se nové kraje do určité míry kryjí s kraji jsoucími v letech 1948–1960. Členění na kraje z roku 1960 dodnes existuje ve vymezení územních obvodů soudů a správních obvodů pro zvláštní státní správu (např. daňovou).