Mezi celostátní tratě patří železniční trať Hranice na Moravě – Púchov a železniční trať Přerov–Břeclav, která vede přes Staré Město u Uherského Hradiště a spojuje Varšavu s Bratislavou a Vídní.
Seznam celostátních tratí ve Zlínském kraji
• Trať č. 280 Hranice na Moravě-Střelná
• Trať č. 330 Přerov-Břeclav