Na jihu kraje v okrese Uherské Hradiště se z regionálních tratí nachází trať č. 340, která spojuje jihomoravské Veselí nad Moravou s Uherským Ostrohem a s Uherským Hradištěm. Ze Starého města u Uherského Hradiště dále vede trať č. 341 Staré Město-Uherský Brod-Vlárský průsmyk s odpojením trati do Luhačovic. Do krajského města Zlín vede trať č. 331, která vede z Otrokovic. V okrese Kroměříž je regionální trať č. 305 Kroměříž – Zborovice. Z Kroměříže vede také trať č. 303 Kojetín-Valašské Meziříčí do okresu Vsetín, kde se také nachází trať č. 281 Valašské Meziříčí – Rožnov pod Radhoštěm.
Seznam regionálních tratí ve Zlínském kraji
• trať č. 281 Valašské Meziříčí – Rožnov pod Radhoštěm
• trať č. 303 Kojetín – Bezměrov – Hulín – Valašské Meziříčí
• trať č. 305 Kroměříž – Zborovice
• trať č. 331 Otrokovice – Zlín – Vizovice
• trať č. 340 Uherské Hradiště – Uherský Ostroh – Veselí nad Moravou
• trať č. 341 Staré Město u Uherského Hradiště – Uherský Brod – Bylnice – Vlárský průsmyk