Brněnský kraj byl zřízen spolu s dalšími samosprávnými kraji na základě článku 99 a následujících Ústavy České republiky, ústavního zákona č. 347/1997 Sb., o vytvoření vyšších územních samosprávných celků, který stanoví názvy krajů a jejich vymezení výčtem okresů (území okresů definuje vyhláška ministerstva vnitra č. 564/2002 Sb.) a pro vyšší územní samosprávné celky stanoví označení „kraje“. Kraje definitivně vznikly 1. ledna 2000, samosprávné kompetence získaly na základě zákona č. 129/2000 Sb., o krajích (krajské zřízení), dne 12. listopadu 2000, kdy proběhly první volby do jejich nově zřízených zastupitelstev. Toto krajské členění je obdobné krajům z let 1948–1960, zřízených zákonem č. 280/1948 Sb.
K 31. květnu 2001, dnem vyhlášení novelizačního ústavního zákona č. 176/2001 Sb., byl přejmenován Brněnský kraj na Jihomoravský kraj, současně byly přejmenovány i další tři kraje. Zákonem 387/2004 Sb. bylo k 1. lednu 2005 přesunuto 25 obcí z kraje Vysočina do Jihomoravského kraje.
Jihomoravský kraj existoval už v Československu od roku 1960 do roku 1990. Byl větší než současný Jihomoravský kraj, patřily k němu i části dnešních krajů Vysočina, Olomouckého a Zlínského. Po roce 1990 tento kraj sice ještě formálně existuje, ale už nemá správní orgány s obecnou působností, je pouze obvodem Krajského soudu Brně a některých dalších orgánů státní správy.
Už prehistorické doby proslavily jižní Moravu více než jiné části dnešního Česka. Dolní Věstonice, u nichž se našly známé památky z doby lovců mamutů v čele s tzv. věstonickou Venuší, leží právě zde.
Na jižní Moravě bylo jedno z center Velkomoravské říše v 8. a 9. století. Po dobytí Moravy českým knížetem Oldřichem se její jih dělil na úděl brněnský a znojemský. Ve Znojmě najdeme jednu z nejstarších rotund na území dnešní České republiky. Brno, dnešní hlavní město kraje, bylo už od 14. století sídlem moravských markrabat a zasedal zde Moravský zemský sněm, který ovšem střídavě zasedal také v Olomouci a v době svého vzniku i ve Znojmě.
Jednou ze světově nejproslulejších událostí, které se na jižní Moravě udály, je také bitva tří císařů u Slavkova 2. prosince 1805, v níž francouzský císař Napoleon porazil spojená vojska rakouského císaře Františka a ruského cara Alexandra.