Po Mnichovské dohodě bylo od České republiky odděleno pohraniční území s převahou německého osídlení. Sudety byly připojeny k Německé říši. Hlučínsko bylo připojeno k tzv. Staré (Německé) říši, k župě Slezsko (konkrétně k vládnímu obvodu Opolí) a poté po porážce Polska k župě Horní Slezsko. Východní část československé části Těšínska (tzv. Zaolzie) byla anektována Polskem a včleněna do Slezského vojvodství (pol. Województwo Śląskie). Po porážce Polska byla polská část Těšínska (včetně anektované české části) připojena k německé župě Horní Slezsko (konkrétně k vládnímu obvodu Katovice).
30. října 1938 byly sudetoněmecké oblasti po jednom měsíci jednotné správy rozděleny na několik částí. Celá severní část Sudet od Chodska až po předměstí Ostravy se stalo novou říšskou župou, župou Sudety (něm. Reichsgau Sudetenland), zkráceně Sudetskou župou (něm. Sudetengau). Sídlem župy byl Liberec (něm. Reichenberg) a říšská župa Sudety se členila na tři vládní obvody: Cheb (Eger), Ústí nad Labem (Aussig), Opava (Troppau). Území od Chodska po Prachatice připadlo Bavorské Východní marce. Úsek Chvalšiny – Nové Hrady získala župa Horní Dunaj (Oberdonau, někdejší Horní Rakousko). Pásmo od Nové Bystřice po Břeclav bylo připojeno k župě Dolní Dunaj (Niederdonau, někdejší Dolní Rakousko).
Po mnichovských událostech přijal Parlament Československé republiky ústavní zákon č. 299/1938 Sb., o autonomii Slovenskej krajiny, a ústavní zákon č. 328/1938 Sb., o autonomii Podkarpatské Rusi. Republika se tím změnila ve federaci. Byla zřízena slovenská a podkarpatská vláda, přičemž ústřední československá vláda začala de facto plnit funkce i vlády české. Řešením správy v okresech, které byly roztrženy a jejichž centra zůstala na postoupených územích, bylo jejich připojení k sousedním okresům.