Po vstupu německé armády do „zbytkového České republiky“ (něm. Rest-Tschechei) byl vytvořen Protektorát Čechy a Morava, jenž členil na dvě země, jimiž byly Čechy a Morava. Země se dále členily na oberlandráty. V roce 1939 se Protektorát členil na 19 „obvodů vrchního zemského rady“ (něm. Oberlandratsbezirke); 12 v Čechách a 7 na Moravě). Roku 1940 byl počet těchto obvodů v Protektorátě snížen na 15 (z toho 10 v Čechách a 5 na Moravě) a v červnu 1942 byl znovu snížen na 7 (z toho 4 v Čechách a 3 na Moravě). Zrušené oberlandráty částečně nahradila okresní hejtmanství s rozšířenou působností.
Slovácký separatismus
Související informace naleznete také v článku Velké Slovensko.
Inspirováni vznikem samostatného Slovenského státu roku 1939 vyjádřili někteří političtí činitelé ze Slovácka (oblast na jihovýchodě Moravy, zvaná též „Moravské Slovensko“) touhu připojit se k němu. „Moravští Slováci z kraje hodonínského, strážnického, kyjovského, hradišťského i uherskobrodského se počítají ke slovenskému národu a vítají vytvoření samostatné suverénní Slovenské republiky, jejíž suverenitu uznávají i nad krajem moravských Slováků,“ znělo v prohlášení Moravsko-slovenské společnosti. V roce 1940 napsal slovenský premiér Vojtech Tuka memorandum Adolfu Hitlerovi, že „na hranicích protektorátu žije půl milionu moravských Slováků bez menšinových práv a většina z nich žádá připojení ke Slovensku“. Ke Slovensku se podle memoranda měla připojit oblast s městy Hodonín, Kyjov, Strážnice, Veselí nad Moravou, Uherský Brod, Uherské Hradiště, Otrokovice, Zlín, Hranice, Valašské Meziříčí, Vsetín a Bylnice. Podle druhé mapy připojené k žádosti by hranice vedla po trase Valtice–Poštorná–Charvátská Nová Ves–Podivín–Šakvice, následně shodně s první mapou až k městu Kroměříž a odtud Holešov–Bystřice pod Hostýnem–Teplice nad Bečvou–Spálov–Odry.
Němci však žádné z těchto návrhů nepřijali a moravsko-slovenská hranice zůstala zachována beze změny.
Členění v letech 1939–1940
Protektorát Čechy a Morava (německy Reichsprotektorat Böhmen und Mähren) se dělil na tyto země a obvody:
• Böhmen / Čechy
◦ Oberlandratsbezirk Budweis / obvod vrchního zemského rady České Budějovice
◦ Oberlandratsbezirk Deutsch-Brod / obvod vrchního zemského rady Německý Brod (Havlíčkův Brod)
◦ Oberlandratsbezirk Jitschin / obvod vrchního zemského rady Jičín
◦ Oberlandratsbezirk Kladno / obvod vrchního zemského rady Kladno
◦ Oberlandratsbezirk Klattau / obvod vrchního zemského rady Klatovy
◦ Oberlandratsbezirk Kolin / obvod vrchního zemského rady Kolín
◦ Oberlandratsbezirk Königgrätz / obvod vrchního zemského rady Hradec Králové
◦ Oberlandratsbezirk Melnik / obvod vrchního zemského rady Mělník
◦ Oberlandratsbezirk Pardubitz / obvod vrchního zemského rady Pardubice
◦ Oberlandratsbezirk Pilsen / obvod vrchního zemského rady Plzeň
◦ Oberlandratsbezirk Prag / obvod vrchního zemského rady Praha
◦ Oberlandratsbezirk Tábor / obvod vrchního zemského rady Tábor
• Mähren / Morava
◦ Oberlandratsbezirk Brünn / obvod vrchního zemského rady Brno
◦ Oberlandratsbezirk Iglau / obvod vrchního zemského rady Jihlava
◦ Oberlandratsbezirk Kremsier / obvod vrchního zemského rady Kroměříž
◦ Oberlandratsbezirk Mährisch Ostrau / obvod vrchního zemského rady Moravská Ostrava
◦ Oberlandratsbezirk Olmütz / obvod vrchního zemského rady Olomouc
◦ Oberlandratsbezirk Prossnitz / obvod vrchního zemského rady Prostějov
◦ Oberlandratsbezirk Zlin / obvod vrchního zemského rady Zlín
Členění v letech 1940–1942
• Böhmen / Čechy
◦ Oberlandratsbezirk Budweis / obvod vrchního zemského rady České Budějovice
◦ Oberlandratsbezirk Jitschin / obvod vrchního zemského rady Jičín
◦ Oberlandratsbezirk Kladno / obvod vrchního zemského rady Kladno
◦ Oberlandratsbezirk Klattau / obvod vrchního zemského rady Klatovy
◦ Oberlandratsbezirk Kolin / obvod vrchního zemského rady Kolín
◦ Oberlandratsbezirk Königgrätz / obvod vrchního zemského rady Hradec Králové
◦ Oberlandratsbezirk Pardubitz / obvod vrchního zemského rady Pardubice
◦ Oberlandratsbezirk Pilsen / obvod vrchního zemského rady Plzeň
◦ Oberlandratsbezirk Prag / obvod vrchního zemského rady Praha
◦ Oberlandratsbezirk Tábor / obvod vrchního zemského rady Tábor
• Mähren / Morava
◦ Oberlandratsbezirk Brünn / obvod vrchního zemského rady Brno
◦ Oberlandratsbezirk Iglau / obvod vrchního zemského rady Jihlava
◦ Oberlandratsbezirk Mährisch Ostrau / obvod vrchního zemského rady Moravská Ostrava
◦ Oberlandratsbezirk Olmütz / obvod vrchního zemského rady Olomouc
◦ Oberlandratsbezirk Zlin / obvod vrchního zemského rady Zlín
Členění v letech 1942–1945
• Böhmen / Čechy
◦ Oberlandratsbezirk Budweis / obvod vrchního zemského rady České Budějovice
◦ Oberlandratsbezirk Königgrätz / obvod vrchního zemského rady Hradec Králové
◦ Oberlandratsbezirk Pilsen / obvod vrchního zemského rady Plzeň
◦ Oberlandratsbezirk Prag / obvod vrchního zemského rady Praha
• Mähren / Morava
◦ Oberlandratsbezirk Brünn / obvod vrchního zemského rady Brno
◦ Oberlandratsbezirk Iglau / obvod vrchního zemského rady Jihlava
◦ Oberlandratsbezirk Mährisch Ostrau / obvod vrchního zemského rady Moravská Ostrava