Kraj byl zřízen spolu s dalšími samosprávnými kraji na základě článku 99 a následujících Ústavy České republiky, ústavního zákona č. 347/1997 Sb., o vytvoření vyšších územních samosprávných celků, který stanoví názvy krajů a jejich vymezení výčtem okresů (území okresů definuje vyhláška ministerstva vnitra č. 564/2002 Sb.) a pro vyšší územní samosprávné celky stanoví označení „kraje“. Kraje definitivně vznikly 1. ledna 2000, samosprávné kompetence získaly na základě zákona č. 129/2000 Sb., o krajích (krajské zřízení), dne 12. listopadu 2000, kdy proběhly první volby do jejich nově zřízených zastupitelstev.
Toto krajské členění je obdobné krajům z let 1948–1960, zřízených zákonem č. 280/1948 Sb.
Mezi lety 1949–1959 patřilo celé jeho území ke kraji Gottwaldovskému, který byl podstatně větší než současný Zlínský kraj. Patřilo k němu také celé území moderního okresu Hodonín a okrajové oblasti moderního okresu Přerov. V roce 1960 pak byl Gottwaldovský kraj zrušen, a jeho území rozděleno mezi Jihomoravský kraj (většina území) a Severomoravský kraj (moderní okres Vsetín a několik obcí v přilehlých částech moderního okresu Přerov). Roku 2000 pak z částí Jihomoravského kraje (moderní okresy Zlín, Kroměříž a Uherské Hradiště) a Severomoravského kraje (moderní okres Vsetín) vznikl dnešní Zlínský kraj. V době vzniku byla prosazována změna názvu kraje na Východomoravský, aby se obyvatelé s tímto krajem více ztotožnili,[8] nakonec však zůstal původní název.
Východní hranice Moravy neměla svůj dnešní tvar odjakživa. Pomineme-li fakt, že všechny hranice byly ve středověku definovány pomyslným středem neobydleného pohraničního hvozdu, jižní část Zlínského kraje patřila ještě koncem 11. století k spornému území. Hranici Moravy tehdy tvořila řeka Olšava. O oblast zvanou Lucká provincie s obcemi Hluk a Kunovice vedli spory vládci Moravy a Uher.