Kraj Vysočina má z historických důvodů nejkomplikovanější soudní správu ze všech krajů v Česku. Na jeho území se nachází pět okresních soudů, v krajském městě Jihlavě je pobočka brněnského krajského soudu, která je příslušná pro občanskoprávní věci s působností pro obvody okresních soudů v Jihlavě, Třebíči a Žďáru nad Sázavou (původní Jihomoravský kraj). Zbylá část kraje je rozdělena mezi českobudějovický a královéhradecký krajský soud (původní Jihočeský a Východočeský kraj). V případě, že tyto krajské soudy nerozhodují o odvoláních proti rozhodnutím okresních soudů, jde odvolání proti jejich rozhodnutím buď k pražskému nebo olomouckému vrchnímu soudu. Konkrétně soudní struktura vypadá na území kraje takto:
Vrchní soud v Olomouci
Krajský soud v Brně (pobočka v Jihlavě jen pro občanskoprávní věci, zbytek agendy přímo v Brně)
Okresní soud v Jihlavě
Okresní soud v Třebíči
Okresní soud ve Žďáru nad Sázavou
Vrchní soud v Praze
Krajský soud v Českých Budějovicích (pobočka v Táboře některé trestní a občanskoprávní věci, zbytek agendy v Českých Budějovicích)
Okresní soud v Pelhřimově
Krajský soud v Hradci Králové
Okresní soud v Havlíčkově Brodě