Území kraje je vymezeno územími okresů Havlíčkův Brod, Jihlava, Pelhřimov, Třebíč a Žďár nad Sázavou.
Okres Havlíčkův Brod (HB): počet obyvatel k 1. lednu 2020: 94 915, rozloha: 1 265 km2, hustota zalidnění: 75 obyvatel na km², počet obcí: 120
Okres Jihlava (JI): počet obyvatel k 1. lednu 2020: 113 628, rozloha: 1 199 km2, hustota zalidnění: 95 obyvatel na km², počet obcí: 123
Okres Pelhřimov (PE): počet obyvatel k 1. lednu 2020: 72 302, rozloha: 1 290 km2, hustota zalidnění: 56 obyvatel na km², počet obcí: 120
Okres Třebíč (TR): počet obyvatel k 1. lednu 2020: 110 810, rozloha: 1 463 km2, hustota zalidnění: 76 obyvatel na km², počet obcí: 167
Okres Žďár nad Sázavou (ZR): počet obyvatel k 1. lednu 2020: 118 158, rozloha: 1 579 km2, hustota zalidnění: 75 obyvatel na km², počet obcí: 174
Začátkem roku 2003 byly zrušeny okresní úřady a pro účely státní správy bylo zavedeno členění území na správní obvody tzv. obcí s rozšířenou působností, jimiž je v Kraji Vysočina kromě pěti okresních měst ještě těchto dalších deset obcí: Pacov, Humpolec, Světlá nad Sázavou, Chotěboř, Nové Město na Moravě, Bystřice nad Pernštejnem, Velké Meziříčí, Náměšť nad Oslavou, Moravské Budějovice, Telč. Tyto správní obvody se dále dělí na správní obvody obcí s pověřeným obecním úřadem.