V době pobělohorské bylo v roce 1628 vydáno na sněmu ve Znojmě Obnovené zřízení zemské pro Moravu. S drobnými úpravami zůstalo v platnosti až do roku 1848. Habsburkům zabezpečovalo dědičné právo na zemi. Znamenalo tehdy konec stavovských svobod a na tehdejší dobu značné náboženské tolerance.
V rámci nastupujícího absolutismu Ferdinand II. v roce 1636 zřídil nový úřad – moravský královský tribunál. Jím nahradil dosavadní instituci zemského hejtmana (jakožto jednotlivce). Tribunál ustanovený v prosinci roku 1636 sídlil zpočátku v Olomouci, ale v roce 1642 byl spolu se zemskými deskami a soudem přemístěn do Brna. Brno se tak stalo hlavním městem Moravy.
V letech 1642–1650 trpěla Morava švédskou okupací.
V roce 1663 podnikli krymští Tataři společně s Turky několik velmi ničivých vpádů na Moravu. Při nich bylo do otroctví odvlečeno na 12 000 lidí, především mladých dívek a dětí. "Čoskoro sa začalo ohavné neslýchané prznenie a znásilňovanie žien a panien," píše očitý svědek evangelický farář Štefan Pilárik o ženách, které Tataři unesli.
Územně-správní reforma Karla VI. z roku 1714 ustanovila (už stálé) kraje: Brněnský, Jihlavský, Znojemský, Olomoucký, Přerovský a Hradišťský.
V souvislosti s pronikavými reformami Marie Terezie, se zřízením tzv. Directoria in publicis et cameralibus, přestalo Markrabství moravské roce 1749 (tak jako i ostatní země Koruny české) de facto existovat. Ztratilo i to málo pravomocí, které v pobělohorském období vídeňský dvůr zemi byl ochoten ponechat.
V roce 1763 sice panovnice nespokojeným stavům ustavením královského moravského zemského gubernia v čele se zemským hejtmanem, který se stal zároveň předsedou zemských sněmů a zemského výboru, částečně ustoupila, ovšem zemským úředníkům byly na rozdíl od úředníků, dosazovaných z centra do všech nižších a středních úřadů a do značné části úřadů zemských jejich pravomoci stále oklešťovány.
Radikální Josef II. pak zemské úřady proměnil v čistě zeměpanské úřady a zemští (stavovští) úředníci měli pouze čestné funkce.
Roku 1758, za sedmileté války, znovu vpadl na Moravu pruský král Fridrich II., ovšem kvůli potížím se zásobováním, úspěšné obraně Olomouce a prohrané bitvě u Domašova byl nucen se bez úspěchu stáhnout. Po této zkušenosti bylo rozhodnuto vybudovat z Olomouce nedobytnou pevnost, která měla chránit severní hranici monarchie.
Roku 1777 bylo olomoucké biskupství povýšeno na arcibiskupství. V Brně bylo zřízeno nové biskupství. Namísto proponovaného biskupství v Opavě pak byl zřízen generální vikariát.
V letech 1782–1783 Josef II. sloučil státní správu Moravy a Rakouského Slezska v Zemi moravskoslezskou, spravovanou moravskoslezským guberniem se sídlem v Brně. Stavovské instituce obou zemí zůstaly zachovány.
Morava byla nadále rozčleněna na 6 krajů. Josef II. zároveň roku 1783 začlenil území tzv. moravských enkláv ve Slezsku pod Opavský kraj, který byl jedním ze slezských krajů. I nadále však byla tato území spravována dle moravských zákonů.
Císař Leopold II. svým reskriptem v roce 1790 svolal a obnovil zemský sněm Moravského markrabství. Tím vlastně rušil předchozí reformy svého bratra. Sněmu předsedal sněmovní direktor a moravskoslezský gubernátor. Moravskému zemskému sněmu byla navrácena moc zákonodárná a vládní, zatímco moc výkonnou si podržely zeměpanské úřady panovníka.