K 1. lednu 1850 bylo zrušeno moravskoslezské gubernium a Morava se Slezskem byly opět plně samostatnými korunními zeměmi.
Zároveň došlo ke vzniku dvou zemských místodržitelství: moravského místodržitelství a slezského místodržitelství. V rámci centralizace se Moravské markrabství podobně jako jiné země mocnářství stalo korunní zemí mocnáře a provincií Rakouského císařství.
Území stávajících moravských enkláv ve Slezsku nadále tvořilo (až do roku 1928) specifické správní území. Na jedné straně bylo spravováno slezskými orgány v rámci nově vzniklých slezských okresů, avšak platily zde moravské zemské zákony. Daně odtud byly odváděny na Moravu a rovněž se jednalo o jeden z moravských volebních okresů.
V rámci správní reformy vznikly na Moravě dva kraje: Brněnský kraj s dvanácti okresy a statutárním městem Brnem a Olomoucký kraj s třinácti okresy a statutárním městem Olomoucí.
V rozsáhlých okresech existovaly expozitury okresních hejtmanství:
Břeclav – expozitura okresního
hejtmanství v Hustopečích;
Moravské Budějovice –
expozitura okresního hejtmanství ve Znojmě;
Staré
Město pod Sněžníkem – expozitura okresního hejtmanství v
Šumperku;
Moravská Ostrava – expozitura okresního
hejtmanství v Místku;
Strážnice – expozitura
okresního hejtmanství v Uherském Hradišti.
V únoru 1861 byla přijata Únorová ústava, která podávala soubor zemských zřízení. Působnost nového zemského sněmu Moravského markrabství a moravského zemského výboru byla taxativně vymezena v oblasti zákonodárné a správní.
V čele zemského výboru stál opět moravský zemský hejtman. Výbor měl výkonnou a samosprávnou funkci. Zemský místodržitel nebyl však odpovědný zemskému sněmu.
V této době jsou kraje zrušeny a nahrazuje je 76 „smíšených“ okresů a 2 statutární města (Brno a Olomouc).
V roce 1865 v rámci programu federalizace Rakouské monarchie byla ústava zrušena a Vídeň zahájila přímé jednání se zemskými sněmy včetně sněmu Moravského markrabství.
V roce 1867 byla přijata nová Prosincová ústava liberálního ducha, ale bez federalistického pojetí.
Zemský sněm Markrabství moravského v čele se zemským hejtmanem měl 151 poslanců.
Moravský zemský výbor, jemuž předsedal rovněž zemský hejtman, se ve svých referátech staral o zemskou správu, zemský majetek a podniky, zemědělství živnosti a průmysl, zdravotnictví, bezpečnost, vojenské záležitosti v zemi, vzdělání, vědu, literaturu a umění, veřejné stavby a dopravu a zemské daně.
O další tři roky později došlo opět k reformě okresů; jejich počet se snížil na 30 a doplnilo je 6 statutárních měst (Brno, Olomouc, Jihlava, Znojmo, Uherské Hradiště a Kroměříž). Do roku 1908 vznikly další 4 okresy. Toto uspořádání s malými změnami trvalo až do roku 1928.
Území okresů se dále členilo na soudní okresy (některé z nich byly rozděleny mezi 2 i více politických okresů). Správu smíšených a později politických okresů řídilo okresní hejtmanství včele s hejtmanem.