Dne 14. března 1939 Slovensko vyhlásilo samostatnost. Po okupaci německými vojsky byl 15. března 1939 na zbytku československého území (tedy na území dnešní České republiky bez Sudet, připojených v roce 1938 k Německu, a východní části československého Těšínska, připojené ve stejném roce k Polsku) vyhlášen Protektorát Čechy a Morava. Na území Protektorátu se nacházela jen velmi malá část Českého Slezska v okolí Ostravy a Frýdku, zatímco zbytek, včetně východní poloviny československého Těšínska, byl připojen k Německu.
Prezident Edvard Beneš v Londýně zorganizoval exilovou vládu (tzv. prozatímní státní zřízení).
Německá okupace Československa se setkala s masivním odbojem obyvatel země a skupin podporovaných ze zahraničí (zejm. operace Anthropoid), na který nacisté reagovali terorem (např. vyhlazení Lidic).
V průběhu druhé světové války nacisté realizovali politiku totálního nasazení českých pracovních sil na území Německa, stejně jako likvidaci židovské diaspory na území Protektorátu. Nejznámější údaj o počtu obětí nacistické okupace pochází z výzkumu zveřejněného Gustavem Hajčíkem a Jaroslavem Voleníkem roku 1956, podle něhož během války zemřelo 360 000 Čechoslováků.