Po zasahování různých oblastních zájmových skupin zvítězil názor, že bude zavedeno krajské zřízení s omezenými pravomocemi. Variant územního členění státu bylo více, základní však byly tyto dvě:
1. První varianta počítala s 9 většími kraji, které víceméně odpovídaly krajům po roce 1960, nově by byl zřízen jen Středomoravský kraj, který měl vzniknout z částí Jihomoravského (okresy Kroměříž, Prostějov, Uherské Hradiště a Zlín) a Severomoravského kraje (okresy Olomouc, Přerov, Šumperk a Vsetín). Důvodem bylo vytvoření stavu, kdy by byly všechny kraje územně a především počtem svých obyvatel přibližně srovnatelné. Návrh takového ústavního zákona podala skupina poslanců v čele s Josefem Ježkem (ODA) v roce 1995. Ten byl ale zamítnut.
2. Druhá byla varianta se 14 menšími a navzájem rozdílně velkými kraji, v hrubých rysech odpovídajícími krajům z let 1948–1960, která se také nakonec prosadila.
V České republice tak vedle osmi územních krajů vzniklo k 1. lednu 2000 na základě ústavního zákona č. 347/1997 Sb. též 14 samosprávných krajů jakožto vyšších územních samosprávných celků, samosprávné kompetence získaly na základě zákona č. 129/2000 Sb., o krajích (krajské zřízení), dne 12. listopadu 2000, kdy proběhly první volby do jejich nově zřízených zastupitelstev. Novelizujícími ústavními zákony č. 176/2001 Sb. a č. 135/2011 Sb. byly některé kraje přejmenovány. Po určitou dobu tak souběžně existovaly v České republice dvě různé soustavy krajů. Zrušení starých územních krajů bylo v parlamentu vládou navrhováno již v roce 2005, dvojice zákonů měla nabýt účinnosti 1. července 2006, avšak 27. prosince 2005 vláda vzala svůj návrh zpět. Další návrh zákona o územně správním členění státu vláda předložila v únoru 2019, schválen a vydán byl v únoru 2020 a účinnosti nabyl 1. ledna 2021, tím byly územní kraje podle § 11 nového zákona ke dni 1. ledna 2021 zrušeny (krajských soudů a krajských státních zastupitelství se však reforma nedotkla).
Nové kraje byly sestaveny z území dosavadních „velkých“ okresů, které přitom byly už několik let poté administrativně opuštěny a nahrazeny menšími obvody obcí s rozšířenou působností, do značné míry podobnými malým okresům zrušeným roku 1960. Původně byly všem krajům dány názvy podle jejich sídel, několik krajů se ale během prvních let přejmenovalo. Také došlo k dílčím úpravám hranic v zájmu přirozené spádovosti.
Samosprávné kraje v České republice od roku 2000:
1. Hlavní město Praha (Čechy)
2. Středočeský kraj (Čechy): sídlo Praha; shodný se stejnojmenným krajem z roku 1960
3. Jihočeský kraj (Čechy, Morava), původně Budějovický kraj; sídlo České Budějovice: okresy České Budějovice, Český Krumlov, Jindřichův Hradec, Písek, Prachatice, Strakonice, Tábor
4. Plzeňský kraj (Čechy): okresy Domažlice, Klatovy, Plzeň-jih, Plzeň-město, Plzeň-sever, Rokycany, Tachov
5. Karlovarský kraj (Čechy): okresy Cheb, Karlovy Vary, Sokolov
6. Ústecký kraj (Čechy): okresy Děčín, Chomutov, Litoměřice, Louny, Most, Teplice, Ústí nad Labem
7. Liberecký kraj (Čechy): okresy Česká Lípa, Jablonec nad Nisou, Liberec, Semily
8. Královéhradecký kraj (Čechy): okresy Hradec Králové, Jičín, Náchod, Rychnov nad Kněžnou, Trutnov
9. Pardubický kraj (Čechy, Morava): okresy Chrudim, Pardubice, Svitavy, Ústí nad Orlicí
10. Kraj Vysočina (Čechy, Morava), původně Jihlavský kraj: okresy Havlíčkův Brod, Jihlava, Pelhřimov, Třebíč, Žďár nad Sázavou
11. Jihomoravský kraj (Čechy, Morava), původně Brněnský kraj: okresy Blansko, Brno-město, Brno-venkov, Břeclav, Hodonín, Vyškov, Znojmo
12. Olomoucký kraj (Morava, Slezsko): okresy Jeseník, Olomouc, Prostějov, Přerov, Šumperk
13. Moravskoslezský kraj (Morava, Slezsko), původně Ostravský kraj: okresy Bruntál, Frýdek-Místek, Karviná, Nový Jičín, Opava, Ostrava-město
14. Zlínský kraj (Morava): okresy Kroměříž, Uherské Hradiště, Vsetín, Zlín