Vodní doprava v České republice je provozována na řekách Labe a Vltava a dalších uzavřených vodních plochách, pro rekreační účely.
Nejvýznamnějším provozovatelem vodní dopravy je Československá
plavba labská.
ČR disponuje i vlastním přístavním
územím v areálu námořního přístavu v Hamburku v Německu.
Přístavy Moldauhafen a Saalehafen byly na základě Versailleské
smlouvy pronajaty v roce 1929 na 99 let (do roku 2028)
Československu. Téhož roku Československo zakoupilo i přístav
Peutehafen. Od roku 1993 je spravuje Česká republika. Přístavy
využívala Československá námořní plavba, dnes Česká námořní
plavba.
Velkou tradici (již od Jakuba Krčína) má
vodohospodářství, splavňování, budování jezů a přehrad.
Největšími přehradami v ČR jsou Orlík, Lipno, Švihov
(Želivka), Nechranice, Slapy, Slezská Harta, Vranov, Dalešice,
Rozkoš a soustava nádrží Nové Mlýny.