Kraj byl vymezen územím okresů Blansko, Brno-město, Brno-venkov, Břeclav, Hodonín, Jihlava, Kroměříž, Prostějov, Třebíč, Uherské Hradiště, Vyškov, Zlín (do 17. června 1990 okres Gottwaldov), Znojmo a Žďár nad Sázavou.
Okresy Blansko, Brno‑město, Brno‑venkov, Břeclav, Hodonín, Vyškov a Znojmo tvoří území samosprávného Jihomoravského kraje.
Okresy Kroměříž, Uherské Hradiště a Zlín (společně s okresem Vsetín, který územně patřil do Severomoravského kraje) tvoří území samosprávného Zlínského kraje.
Okresy Jihlava, Třebíč a Žďárnad Sázavou patří do samosprávného Kraje Vysočina.
Okres Prostějov je spolu se čtyřmi okresy původně územně patřícími do Severomoravského kraje (Jeseník, Olomouc, Přerov, Šumperk) součástí území samosprávného Olomouckého kraje.