Za vlády krále Jiřího z Poděbrad (1458–1471) byli opět na čas jmenování poprávci, tentokrát ale už jako podřízení hejtmanům. V každém kraji pak byli už od roku 1470 z místní šlechty voleni dva hejtmani, jeden z panského stavu, druhý z rytířského. Hejtmani se starali o veřejný pořádek v daném kraji, měli v pravomoci hrdelní soudnictví, dohlíželi na kvalitu mince a také veleli krajské vojenské hotovosti. V první polovině 16. století stoupl vliv hejtmanů natolik, že kraje byly spravovány z jejich sídel, zpravidla šlechtických hradů či zámků, a krajská města ztratila svou funkci. Po Obnoveném zřízení zemském už přestaly být svolávány krajské sněmy a hejtmany jmenoval panovník. Jejich pravomoc byla hlavně trestní, vojenská a policejní, také měli kontrolovat patrimoniální správu. Úředníky do svých kanceláří (zárodek krajských úřadů) si platili ze svých prostředků. Hlavními agendami takového úřadu byly: berní věci, vojenské věci, finanční věci, živnosti, obchod a průmysl, soudní agenda, politická a policejní agenda. Až od roku 1706 ale měli podle nařízení císaře Josefa I. vykonávat státní správu v jednotlivých krajích školení úředníci (byrokraté), kteří museli při rozhodování přihlížet ke stavovským návrhům.
Za Jiřího z Poděbrad také vznikly další dva kraje:
• Podbrdský kraj (pojmenován podle Brd, správní centrum Beroun)
• Vltavský kraj (pojmenován podle Vltavy, tehdy nejmenší český kraj; správní centrum neměl, některé jeho funkce postupně přijalo poddanské město Sedlčany)
Podbrdský kraj byl vyčleněn z kraje Rakovnického a Vltavský z kraje Bechyňského. Někde se však uvádí, že oba byly vyčleněny z kraje Prácheňského. Tento stav (14 krajů) přetrval bez podstatných změn po dalších asi 250 let, než roku 1714 došlo opět k redukci na 12 krajů:
• Slánský a Rakovnický kraj byly sloučeny do nového Rakovnického kraje se sídlem ve Slaném;
• Podbrdský a Vltavský kraj byly sloučeny do Berounského kraje.
Vedle toho došlo k dalším dílčím změnám: mělnické panství (dosud Litoměřický kraj) a část brandýského panství (Kouřimský kraj) byly připojeny ke kraji Boleslavskému, a k Žateckému kraji bylo připojeno Loketsko a Chebsko, již dříve spojené s Ašskem.