Na Moravě byl vývoj odlišný. Předchůdcem územněsprávního členění Moravy byla přemyslovská údělná knížectví v 11. a 12. století (brněnské, znojemské a olomoucké), na konci 12. století teprve sjednocená do Moravského markrabství. Nicméně také zde byli pro každý kraj voleni dva hejtmani, jeden pán a druhý rytíř. Jejich pravomoc byla jednak vojenská, jednak vybírali berně. Po Obnoveném zřízení zemském už byl vždy jmenován jen jeden hejtman.
O krajích na Moravě se hovoří teprve od 16. století, nejdříve byly zřízeny roku 1529, ustálily se v roce 1569, ale pravidelná krajská organizace se rozvinula až po Bílé hoře (vznik takových krajů je datován až rokem 1637). Země se dělila na 5 krajů:
• Brněnský kraj (Brno)
• Olomoucký kraj (Olomouc)
• Hradišťský kraj (Uherské Hradiště)
• Jihlavský kraj (Jihlava)
• Znojemský kraj (Znojmo)
Roku 1735 byl z Olomouckého kraje vyčleněn Přerovský kraj, od roku 1783 se sídlem v Hranicích (také některá sídla ostatních krajů se, byť nakrátko v letech 1783–1794 změnila, krajský úřad Olomouckého kraje byl v Uničově a Jihlavského kraje ve Velkém Meziříčí).